膜结构车棚的排水系统很关键，当下雨时，它发挥了作用，能够及时将雨水排出，防止堆积造成车棚被压塌，在整个车棚中，排水系统是必不可少的。
1、排水孔型排水系统：在棚顶低端做一个排水孔，污水和雨水通过膜结构车棚，透过排水孔自然排出，注意排水孔的选择位置一定要合理。
2、槽型排水管道：通常以凹槽的形式架设在车棚的顶部，一方面为了美观，常在膜结构车棚上做嵌入式的布局，注意铺设的时候要注意倒流方向和高度，定期检查访问杂物堵塞通道。
3、逆流式排水系统：在膜结构车棚的关键位置，安装的逆风通流系统，能把雨水和污水统一吸入到污水槽中排向地面，该系统排水率高。
